该剧以上世纪80年代我国核潜艇研发以及航母研发为背景，讲述了年轻国安干警马东为了侦查一起国际泄密事件，隐藏身份只身“潜伏”军工厂，以一名普通保卫干事的角色与国安部门内外配合，揪出深藏的间谍组织，保护国家安全的故事。

1984年，“蓝鱼”号核潜艇研制的紧要关头发生重大国际泄密案，年轻的国安侦察员马东思维敏捷、桀骜不驯，奉命以保卫干事的身份潜入军工202厂暗中调查，与间谍玩了一出惊心动魄的“猫鼠游戏”。在这过程中，马东爱上工程师冯书雅，却因任务需要故作冷漠放弃这段爱情，并撮合好友陈其乾与她的婚姻。经过抽丝剥茧的排查，马东一举破获间谍组织立下大功，陈其乾却不幸遇害，此时冯书雅已有他的遗腹子。马东十分内疚，为了心中真爱决定保护母子俩，他放弃升迁机会成为真正的保卫干事，与冯书雅冰释前嫌组成幸福家庭。三十年后，冯书雅成为总工程师，负责航母研发，儿子却突然携女友留学回国，怪事连连、迷雾重重。虽然已是普通人，但凭着老牌侦察员的敏锐，马东判断这是一场更加严峻的间谍案，他义不容辞加入这场“安全之战”，一如三十年前。